服用博舒替尼时，最常见的不良反应包括体液潴留(包括胸腔积液)、腹泻、头痛、恶心、皮疹、呼吸困难、出血、疲劳、肌肉骨骼疼痛、感染、呕吐、咳嗽、腹痛和发热。

服用博舒替尼，可能会出现骨髓抑制：博舒替尼治疗会伴随有贫血、中性粒细胞减少症和血小板减少症发生。前2个月内应每周进行一次全血细胞计数，随后每月一次，或在有临床指征时进行。骨髓抑制通常都是可逆的，所以患者无需十分担忧，基本上在停药后，都会逐渐恢复　　

服用博舒替尼时，可能会有体液潴留的现象，博舒替尼治疗会伴有体液潴留。在所有临床研究中，3级或4级体液潴留的发生率为10%。体液潴留事件的常规处理方法是支持治疗，包括利尿剂和短期的激素治疗。　　

QT间期延长：体外数据表明，博舒替尼有可能会延长心室复极（QT间期）在给予博舒替尼治疗前应当纠正低钾血症或低镁血症。充血性心力衰竭、左心功能不全以及心肌梗塞：对于那些伴有心功能不全体征或症状的患者需进行监测并给予适当治疗。

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